В начале "Гарри Поттера и Узника Азкабана" Гарри Поттер видит газету, на первой полосе которой размещена фотография семейства Уизли в Египте. На самом деле для фильма эта газета имеет ключевое значение. По книге стало известно, что Корнелиус Фадж дал всем заключенным Азкабана этот выпуск, и Сириус Блэк заметил на фотографии знакомую крысу, у которой, к тому же, не было одного пальца. Он сразу понял, что это Питер Петтигрю, и сбежал из тюрьмы. Сделал Сириус это с помощью своей анимагической формы. Так как никто не знал, что Блэк - анимаг, ему удалось без каких-либо проблем выбраться из Азкабана.

В конце фильма "Гарри Поттер и Тайная комната" после длительного отсутствия появляется Гермиона. Рон и Гарри радуются, когда видят ее, и спешат поприветствовать. Она сразу падает в объятия Гарри, а с Роном обменивается неловкими взглядами. Изначально Эмма Уотсон должна была обнять обоих, однако ей было слишком неловко, поэтому Крис Коламбус позволил ей обнять только Дэниела Рэдклиффа. Более того, объятие с Рэдклиффом было не таким долгим, как показано в фильме. Эмма призналась, что Дэниел отошел уже через две секунды, просто их значительно удлинили с помощью монтажа.

Джоан Роулинг заложила интересный смысл в ликантропию Римуса Люпина. Она сравнила ее с одной известной настоящей болезнью, которая не передается воздушно-капельным путем и даже через слюну, но которая при этом делает человека, болеющего ею, настоящим изгоем. Примерно то же самое происходит и с Римусом Люпином. Он может заразить ликантропией другого человека только в полную фазу Луны и только если ранит его. Несмотря на это, многие избегают таких, как Римус, и не дают им нормально жить в обществе. Создатели фильма пошли еще дальше и сделали Римуса в ликантропической форме не обычным волком, а жутким существом, на котором практически нет волос - в общем говоря, он выглядит, как больное животное.

В третьем акте фильма "Гарри Поттер и Философский камень" Рон Уизли рискнул собой в финале шахматной партии, чтобы Гарри и Гермиона смогли пройти дальше. Несмотря на то, что все протоколы безопасности были соблюдены, Руперт Гринт все равно получил травму. Сразу после падения один из камней отскочил ему прямо в щеку.

В конце фильма "Гарри Поттер и Тайная комната", сразу после сцены, в которой Гарри, Люциус Малфой и Дамблдор обсуждают произошедшие события, следует сцена освобождения Добби из рабства. После того, как Люциус узнал, что его домового эльфа освободил Гарри, он быстро начал подходить к Гарри и пробормотал "Авада". Понятно, что он хотел сказать "Авада Кедавра", однако в сценарии было совсем другое заклинание. Суть в том, что Джейсон Айзекс забыл, какое заклинание он должен был произнести по сценарию, и сказал первое, что пришло ему в голову.

"Гарри Поттер и Узник Азкабана" - это единственный фильм, в котором не появляется Волдеморт. "Узник Азкабана" сосредоточено на взрослении главных героев, и в таком случае стоило убрать любое упоминание Темного Лорда.

В одной из сцен Гарри и Дамблдор ведут разговор в его кабинете, как вдруг врывается Хагрид с тушей петуха, чтобы объяснить Дамблдору, что на территории школы творится что-то жуткое. Этот петух - продолжение вырезанной сцены, в которой Хагрид находит большое количество погибших петухов. В книге эта сцена есть и вскоре объясняется, что крик петуха губителен для Василиска, поэтому он сразу избавился от своих самых страшных врагов.

В день казни Клювокрыла среди Дамблдора, Корнелиуса Фаджа и палача должен был быть еще и Люциус Малфой. Увидев отсутствия Клювокрыла, он бы убежал с большим негодованием. Единственная причина, почему Люциус не появился в той сцене - это занятость Джейсона Айзекса другой работой.